Quelles sont les formalités à respecter pour mon arrêt de travail ?

mis à jour 01/12/2021

Selon que vous êtes agent titulaire ou contractuel de la fonction publique, la gestion de vos arrêts de travail est différente :

  • titulaire, vos arrêts de travail sont gérés directement par votre administration à qui vous devez adresser votre arrêt.
  • contractuel, vous dépendez du régime général de la sécurité sociale à qui vous devez adresser directement vos arrêts.

Vous êtes titulaire de la fonction publique

- Envoi de vos arrêts de travail

Dans un délai de 48 heures, vous devez transmettre votre arrêt de travail à votre supérieur hiérarchique ou à votre service du personnel.

Attention, ces personnes ne sont pas habilitées à traiter les données médicales confidentielles figurant sur le premier volet de l’imprimé de votre arrêt. Cela relève de la compétence du service du contrôle médical. Pour conserver la confidentialité de ces données, vous ne devez remettre à votre employeur que les 2ème et 3ème volets. Vous conservez le 1er volet sur lequel votre médecin traitant pourra préciser que votre maladie justifie l’octroi d’un congé de longue maladie. Si besoin, vous le présenterez au médecin agréé en cas de contrôle médical.

- Les différents congés maladie

Avec un cancer, vous pouvez bénéficier du CLM (congé de longue maladie) et du CLD (congé de longue durée). Dès votre premier arrêt, votre médecin peut demander à ce que vous soyez en CLM pour une durée de 3 à 6 mois. Le CLD peut être attribué au terme de la première année de CLM. L’octroi de ces deux congés est de la compétence du Comité médical au vu des observations et justificatifs transmis par votre médecin et d’une contre-visite par un médecin agréé.

Si vous êtes en CLM ou en CLD, les demandes de prolongation de votre arrêt doivent être effectuées au moins 1 mois avant l’expiration de la période en cours.
En CLM vous percevez votre plein traitement pendant un an, puis un demi-traitement les deux années suivantes. En CLD, le plein traitement est maintenu pendant trois ans, suivi de deux années à demi-traitement. La première année de CLM est prise en compte pour le calcul des 3 ans à plein traitement du CLD. Le CLD peut ainsi démarrer dès la fin de la première année de CLM.
Vous ne pouvez bénéficier que d’un seul CLD pendant toute votre carrière pour une même pathologie, alors que vous renouvelez votre droit au CLM dès que vous retravaillez une année complète.

- Vos déplacements pendant votre arrêt

Pendant votre CLM ou votre CLD vos sorties sont libres. En revanche, vous êtes tenu(e) d’informer votre employeur de tout changement de résidence, même temporaire et lui indiquer l’adresse où vous pouvez être contacté(e), y compris à l’étranger.

Pendant toute la période où vous êtes en congé maladie, vous devez vous soumettre aux prescriptions et aux visites que nécessite votre état, aux contrôles éventuels demandés par votre administration ou par le comité médical et cesser tout travail non autorisé.

Le non-respect de ces obligations peut entraîner l’interruption du versement de la rémunération.

- Fiscalité

En congé maladie, vous n’êtes pas rémunéré(e) en vertu de votre régime de sécurité sociale, mais en application du statut général des fonctionnaires qui vous permet de conserver votre traitement complet ou partiel. De ce fait, votre traitement est considéré, pour sa totalité, comme un revenu imposable. Non exonéré de l’impôt sur le revenu et vous devez donc le déclarer. Il apparaît sur la déclaration pré-remplie.

Vous êtes contractuel(le) de la fonction publique

- Envoi de vos arrêts de travail

En tant que non titulaire de la fonction publique vous devez adresser vos arrêts de travail à votre caisse de sécurité sociale. De ce fait, et contrairement aux agents titulaires, vous devez envoyer les deux premiers volets de vos arrêts sous pli cacheté, à l’attention du médecin conseil de la caisse. Vous adressez le 3ème volet à votre administration. Ces envois doivent être effectués dans les 48h.

- Les différents congés maladie

Les règles applicables au congé maladie sont celles prévues par le régime général de la sécurité sociale. Pour une ALD (affection de longue durée), la durée d’indemnisation par la sécurité sociale peut être au maximum de 3 ans.

Si vous avez au moins 3 ans d’ancienneté, votre administration peut vous placer en congé de grave maladie, sur avis du comité médical, dès lors que votre maladie nécessite un traitement et des soins prolongés et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée. Votre médecin doit dans ce cas adresser au comité médical ses observations ainsi que les justificatifs requis. Avec un congé de grave maladie, vous bénéficiez par votre administration du plein traitement indiciaire pendant 1 an, puis 2 ans à demi-traitement.

- Vos déplacements pendant votre arrêt

Avec un cancer vous pouvez bénéficier de sorties libres pendant votre arrêt, votre médecin doit le préciser sur l’arrêt de travail.

Par ailleurs, si vous devez séjourner en dehors de votre département de résidence pendant votre arrêt de travail, pour raison thérapeutique ou pour convenance personnelle, vous devez demander et obtenir au préalable l’accord de votre caisse d’Assurance maladie au risque sinon de voir vos indemnités journalières diminuées ou suspendues. L’adresse où vous pourrez être contacté(e) sur votre nouveau lieu de séjour devra être communiquée.

- Fiscalité

En tant que contractuel(le) vous ouvrez droit à des indemnités journalières versées directement par votre caisse d’assurance maladie à l’administration qui vous emploie.

En cas de grave maladie, votre rémunération est exonérée à concurrence du montant des indemnités journalière que lui verse votre caisse de sécurité sociale. Vous restez imposable pour l’excédent.

Documents à télécharger

Fiche Santé Info Droits Pratique : Fonctionnaires : les congés pour maladie

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